新一答应带小兰去新建的多罗碧加乐园玩，结果在坐云霄飞车的时候看见琴酒排在他们前面。新一从相良那里知道了琴酒和赤井分手了，但连相良都不知道原因，他就更打探不出来了。他之前就觉得琴酒和赤井不是普通人，所以赤井突然不见了肯定不是分手那么简单。
赤井还好一点，虽然不是特别在意穿着的人，但也会搭配搭配衣服，属于日常型优良穿搭的类型。但是琴酒和伏特加站在一起就很明显了，因为这两个人全都是一身黑，特别是来乐园这种地方还穿成这样特别奇葩。
新一的注意力转移了，没再听小兰说话。因为琴酒曾经见过他和小兰，所以他很怕琴酒看见他们，一直小心翼翼地让前面的人挡着自己。然而直到坐上过山车，他都没看出琴酒想要做什么。
之后发生了云霄飞车杀人事件，再次大放异彩的新一在看着目暮警官把犯人带走后才意识到，自己这样岂不是让琴酒注意了？他赶紧看过去，琴酒和伏特加已经离开了。“小兰，我有事先走了，你自己回去吧！”新一赶紧追了过去。小兰没有来得及说什么，新一已经跑远了。
接着新一目击伏特加和人交易，接着被琴酒一棍子打晕，灌下了药。
身体缩小成一年级小朋友的新一跑到阿笠博士家，伪装成江户川柯南。阿笠博士提议他住到小兰家里去。
“你现在这个样子想要调查非常困难，而小兰的爸爸是侦探，说不定在某个案子里能接触到黑衣人。而且琴酒是见过小兰的，也知道去多罗碧加乐园的时候她也在，说不定会找他麻烦，所以你在她身边还能保护她。”
柯南觉得阿笠博士说的非常有道理，于是说服小兰收留他。
之后工藤优作帮他做好了假身份，还给毛利小五郎打了生活费。新一正式成为帝丹小学的一年级生。内在是高中生的他居然特别受同学喜欢，还被迫加入了少年侦探团。再怎么看他都应该是福尔摩斯吧？
小学的课程对他来说太简单了，毛利小五郎出乎他的意料是个没有生意的废柴侦探，接触到黑衣组织遥遥无期。柯南正着急，班上突然又转来了一个学生。在学期中间连续转来学生是很少见的。转学生很奇怪，名字奇怪，性格也奇怪，哪有父母给女儿取名“哀”那么丧的？而且她的性格也完全不像小孩。柯南有些疑惑，但没有太在意，结果当晚灰原差点把他吓死。
自己的高中同学的大哥果然是黑道；
高中同学的大哥的男朋友突然消失可能是因为发现了男友的秘密而被灭口；
吃了药身体缩小这种魔幻的事情居然发生在自己身上；
同样缩小的转学生是黑衣组织成员，还是研制出APTX-4869的人……
这些都不是最可怕的，最可怕的是，在灰原加入少年侦探团后，他们接到了第一个委托——调查家里行为奇怪的租客。当少年侦探团到达木马庄的时候，整栋公寓都被烧掉了。
“不会吧……”步美惊恐地看着只剩下焦黑框架的房子。柯南皱起眉头，稚嫩的脸上透露出不属于小孩子的成熟。昨天同学才跟他说家里的租客很奇怪，今天就发生了火灾，绝对不是巧合！这个时候灰原突然很紧张地躲到他身后，抓紧了他的肩膀。
“怎么了？”
灰原浑身颤抖着注视着三个聚在一起的租客。这里面有一个人具有黑衣组织的气息，这种让人把心揪起来、胃团起来的压迫感绝对不会错的！为什么？为什么黑衣组织的人会出现在这里？难道已经发现了他们？但是突然这种感觉消失了，仿佛是个错觉。“没……没事。”她向来相信自己的直觉，所以她相信这几个人里肯定有个不对头。
在柯南的努力下成功抓住了凶手，案子结束后，其中那个叫冲矢昴的研究生说自己没有地方住了，想要住在阿笠博士家。灰原不同意，结果柯南让他住到工藤宅去。
灰原拽了柯南一下：“你想什么呢？如果被发现工藤新一还活着怎么办？”
“放心，喜欢福尔摩斯的人不会是坏人。”柯南笑笑。其实他还有另一个想法，如果这人真和黑衣组织有关，与其让他躲起来，不如让人在眼皮底下。
不管怎样，赤井成功以“冲矢昴”的身份打入内部。